星盟的飛船追殺而至,秋之墩號和士官長被迫分別登陸4號光環(huán)。光環(huán)上的實驗室中有一些當(dāng)年先行者抓來做研究的洪魔,光環(huán)發(fā)動時因為身處其中反而逃過一劫。先行者在各個光環(huán)上派駐了會飛的人工智能——引導(dǎo)者,其使命是防止除回收者(人類或先行者)外的生物進入光環(huán)釋放洪魔,并防止洪魔脫逃,如果洪魔已經(jīng)逃出,為防止更大范圍的感染,引導(dǎo)者要找到回收者,借助其身份開啟光環(huán)(只有回收者才能發(fā)動光環(huán)),消滅殺傷范圍中包括洪魔在內(nèi)的一切生命(一個光環(huán)的殺傷范圍約為七分之一個銀河系)。
秋之墩號的船長誤縱洪魔,感染了整個光環(huán),為履行不讓洪魔外逃的職責(zé),引導(dǎo)者343罪惡火花哄騙士官長開啟了光環(huán),士官長發(fā)現(xiàn)被騙后悔不迭,于是費盡心機破壞了幾個脈沖發(fā)射器,讓殺傷波無法放出。之后,為了防止洪魔擴散到光環(huán)之外,士官長將4號光環(huán)炸毀。
光環(huán)2的情節(jié)緊接著光環(huán)1展開。士官長炸毀4號光環(huán)回到地球后,“悲愴先知”率星盟艦隊進攻地球,最終被擊退,士官長尾隨其后,發(fā)現(xiàn)了5號光環(huán)----三角洲。士官長斬殺悲愴先知后,在星盟艦隊轟炸下失去知覺,為光環(huán)上的尸腦獸所擒(此尸腦獸是5號光環(huán)上的洪魔又聚合成的生物,與十萬年前的尸腦獸毫無關(guān)系)。三先知認為先行者在方舟中啟動光環(huán),除了殺滅銀河系生物外,另一個作用就是將自己傳送到先驅(qū)所在的“圣地”。為了踏上“朝圣之旅”,三先知欺騙了手下的各個種族(包括先知族),說開啟光環(huán)可以凈化全宇宙的生命,以利用他們尋找并占領(lǐng)各個光環(huán)和方舟。但被炸毀的4號光環(huán)的引導(dǎo)者----343罪惡火花從爆炸中逃了出來,將開啟光環(huán)會殺死銀河系所有生物的真相告知了4號光環(huán)附近的星盟駐軍,駐軍遂叛。
三先知將一名精英族艦長改造成特種戰(zhàn)士(稱為神風(fēng)烈士),派其去鎮(zhèn)壓叛亂,被先知欺騙的神風(fēng)烈士擊斃叛軍首領(lǐng)后,又登上5號光環(huán),尋找發(fā)動光環(huán)的鑰匙----“索引器”。在此期間,由于先知族一直戒備精英族,便借悲愴先知被殺之事指責(zé)精英族保護不力,并以此為由讓鬼面獸族替代精英族的軍事指揮地位。權(quán)力交替后,星盟七族對精英族展開滅族行動,神風(fēng)烈士找到索引器后,也被悄悄尾隨的先知心腹----鬼面獸首領(lǐng)塔塔羅斯暗算落崖(后被尸腦獸所救)。塔塔羅斯將索引器拿回博愛之城(由無畏號改裝的星盟主力艦),交給了真相先知。
尸腦獸不希望光環(huán)被發(fā)動(那樣它將沒有可感染的寄生體),于是空間傳送士官長到博愛之城,讓他斬殺二先知,同時遣手下的洪魔攻入博愛之城。等士官長到達時,蟲族已經(jīng)殺死憐憫先知,真相先知則已率艦隊趕往地球(進入方舟的傳送門在地球上)。之后科塔娜留下引爆博愛之城,士官長遂去地球追殺真相先知,并留下科塔娜引爆博愛之城,但科塔娜被尸腦獸所擒,引爆失敗。
在傳送士官長到博愛之城時,尸腦獸也將神風(fēng)烈士送到光環(huán)的基地中,以阻止拿著索引器的塔塔羅斯開啟光環(huán)。雖然最終斬殺了塔塔羅斯,但其生前已經(jīng)啟動了光環(huán)。經(jīng)努力,神風(fēng)烈士讓5號光環(huán)進入了待機狀態(tài),但根據(jù)預(yù)設(shè),某個光環(huán)待機后,將會自動向其它光環(huán)送出信號,遠端發(fā)動其余光環(huán)。由于不知道其它光環(huán)的位置,想要阻止另五座光環(huán)發(fā)動,就必須到達七座光環(huán)的總控室——方舟。